河川や水路の観測水位を標高水位で表すには、設定の「地表面標高」をどう使ったらいいですか？

「実水位」＝「標高水位」になるように「オフセット」で調整して下さい。

「地表面標高」の設定は、地下水位観測計算用の項目なので、表流水の観測では入力する必要はありません。